/* ── Reset & base ──────────────────────────────────────────── */

*, *::before, *::after {
  box-sizing: border-box;
  margin: 0;
  padding: 0;
}

body {
  font-family: var(--font-body);
  font-size: var(--text-base);
  line-height: 1.6;
  color: var(--color-text);
  background: var(--color-background);
  -webkit-font-smoothing: antialiased;
}

a { color: var(--color-primary); text-decoration: none; }
a:hover { color: var(--color-primary-hover); }

img { max-width: 100%; height: auto; }

/* ── Layout shell ──────────────────────────────────────────── */

.app-shell {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  min-height: 100vh;
}

.app-header {
  background: var(--color-surface);
  border-bottom: 1px solid var(--color-border);
  padding: 0 var(--space-lg);
  position: sticky;
  top: 0;
  z-index: 100;
}

.header-inner {
  max-width: var(--content-wide);
  margin: 0 auto;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  height: 56px;
}

.header-brand {
  font-size: var(--text-lg);
  font-weight: 600;
  color: var(--color-deepest);
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-sm);
}

.header-brand .brand-mark {
  width: 28px;
  height: 28px;
  background: var(--color-primary);
  color: #fff;
  border-radius: var(--radius-sm);
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: center;
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 700;
}

.header-nav {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-md);
  list-style: none;
}

.header-nav a {
  color: var(--color-text-dim);
  font-size: var(--text-sm);
  padding: var(--space-xs) var(--space-sm);
  border-radius: var(--radius-sm);
}

.header-nav a:hover,
.header-nav a.active {
  color: var(--color-primary);
  background: var(--color-primary-light);
}

.app-content {
  flex: 1;
  max-width: var(--content-wide);
  margin: 0 auto;
  padding: var(--space-xl) var(--space-lg);
  width: 100%;
}

.app-footer {
  border-top: 1px solid var(--color-border);
  padding: var(--space-lg);
  text-align: center;
  font-size: var(--text-xs);
  color: var(--color-text-ghost);
}

/* ── Page headers ──────────────────────────────────────────── */

.page-header {
  margin-bottom: var(--space-xl);
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  gap: var(--space-md);
  flex-wrap: wrap;
}

.page-header h1 {
  font-size: var(--text-2xl);
  font-weight: 600;
  color: var(--color-deepest);
  line-height: 1.2;
}

.page-header p {
  color: var(--color-text-dim);
  font-size: var(--text-sm);
  margin-top: var(--space-xs);
}

/* ── Buttons ───────────────────────────────────────────────── */

.btn {
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-sm);
  padding: 8px 16px;
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 500;
  border-radius: var(--radius-md);
  border: 1px solid transparent;
  cursor: pointer;
  text-decoration: none;
  transition: background 0.15s, border-color 0.15s;
  font-family: inherit;
  line-height: 1.4;
}

.btn-primary {
  background: var(--color-primary);
  color: #fff;
  border-color: var(--color-primary);
}

.btn-primary:hover {
  background: var(--color-primary-hover);
  border-color: var(--color-primary-hover);
  color: #fff;
}

.btn-secondary {
  background: var(--color-surface);
  color: var(--color-text);
  border-color: var(--color-border);
}

.btn-secondary:hover {
  background: var(--color-background);
  border-color: var(--color-text-ghost);
}

.btn-danger {
  background: var(--color-surface);
  color: var(--color-danger);
  border-color: var(--color-border);
}

.btn-danger:hover {
  background: var(--color-danger-bg);
  border-color: var(--color-danger);
}

.btn-sm {
  padding: 4px 10px;
  font-size: var(--text-xs);
}

.btn:disabled, .btn[disabled] {
  opacity: 0.5;
  cursor: not-allowed;
}

/* ── Cards ─────────────────────────────────────────────────── */

.card {
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-lg);
  padding: var(--space-lg);
  box-shadow: var(--shadow-sm);
}

.card-header {
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  margin-bottom: var(--space-md);
}

.card-header h2 {
  font-size: var(--text-lg);
  font-weight: 600;
}

.card-header h3 {
  font-size: var(--text-base);
  font-weight: 600;
}

/* ── Tables ────────────────────────────────────────────────── */

.data-table {
  width: 100%;
  border-collapse: collapse;
  font-size: var(--text-sm);
}

.data-table th {
  text-align: left;
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  font-weight: 600;
  font-size: var(--text-xs);
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  color: var(--color-text-faint);
  border-bottom: 2px solid var(--color-border);
}

.data-table td {
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  border-bottom: 1px solid var(--color-border-light);
  vertical-align: middle;
}

.data-table tbody tr:hover {
  background: var(--color-background);
}

.data-table tbody tr:last-child td {
  border-bottom: none;
}

/* ── Badges ────────────────────────────────────────────────── */

.badge {
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: 4px;
  padding: 2px 8px;
  font-size: var(--text-xs);
  font-weight: 500;
  border-radius: 9999px;
  line-height: 1.5;
}

.badge-success {
  background: var(--color-success-bg);
  color: var(--color-success);
}

.badge-warning {
  background: var(--color-warning-bg);
  color: var(--color-warning);
}

.badge-danger {
  background: var(--color-danger-bg);
  color: var(--color-danger);
}

.badge-info {
  background: var(--color-info-bg);
  color: var(--color-info);
}

.badge-neutral {
  background: var(--color-background);
  color: var(--color-text-faint);
}

/* ── Concern level tokens ──────────────────────────────────── */

.concern-dot {
  display: inline-block;
  width: 8px;
  height: 8px;
  border-radius: 50%;
  margin-right: 4px;
}

.concern-elevated .concern-dot { background: var(--color-elevated); }
.concern-typical .concern-dot { background: var(--color-typical); }
.concern-favorable .concern-dot { background: var(--color-favorable); }

.concern-elevated { color: var(--color-elevated); }
.concern-typical { color: var(--color-typical); }
.concern-favorable { color: var(--color-favorable); }

/* ── Forms ─────────────────────────────────────────────────── */

.form-group {
  margin-bottom: var(--space-lg);
}

.form-group label {
  display: block;
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 500;
  color: var(--color-text);
  margin-bottom: var(--space-xs);
}

.form-group .hint {
  font-size: var(--text-xs);
  color: var(--color-text-faint);
  margin-top: var(--space-xs);
}

.form-input,
.form-textarea,
.form-select {
  display: block;
  width: 100%;
  padding: 8px 12px;
  font-size: var(--text-base);
  font-family: inherit;
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-md);
  background: var(--color-surface);
  color: var(--color-text);
  transition: border-color 0.15s;
}

.form-input:focus,
.form-textarea:focus,
.form-select:focus {
  outline: none;
  border-color: var(--color-primary);
  box-shadow: 0 0 0 3px rgba(26, 107, 138, 0.12);
}

.form-textarea {
  min-height: 80px;
  resize: vertical;
}

.form-checkbox {
  display: flex;
  align-items: flex-start;
  gap: var(--space-sm);
  font-size: var(--text-sm);
  cursor: pointer;
}

.form-checkbox input[type="checkbox"] {
  margin-top: 3px;
  flex-shrink: 0;
}

.form-errors {
  background: var(--color-danger-bg);
  border: 1px solid #feb2b2;
  border-radius: var(--radius-md);
  padding: var(--space-md);
  margin-bottom: var(--space-lg);
  font-size: var(--text-sm);
  color: var(--color-danger);
}

.form-errors ul {
  margin: var(--space-sm) 0 0 var(--space-md);
}

/* ── Flash messages ────────────────────────────────────────── */

.flash {
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  border-radius: var(--radius-md);
  font-size: var(--text-sm);
  margin-bottom: var(--space-lg);
  border: 1px solid transparent;
}

.flash-notice {
  background: var(--color-success-bg);
  color: var(--color-success);
  border-color: #c6f6d5;
}

.flash-alert {
  background: var(--color-danger-bg);
  color: var(--color-danger);
  border-color: #feb2b2;
}

/* ── Upload dropzone ───────────────────────────────────────── */

.dropzone {
  border: 2px dashed var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-lg);
  padding: var(--space-2xl);
  text-align: center;
  cursor: pointer;
  transition: border-color 0.2s, background 0.2s;
}

.dropzone:hover,
.dropzone.drag-over {
  border-color: var(--color-primary);
  background: var(--color-primary-light);
}

.dropzone-label {
  display: block;
  font-size: var(--text-base);
  color: var(--color-text-dim);
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.dropzone-hint {
  font-size: var(--text-xs);
  color: var(--color-text-faint);
}

/* ── Upload status ─────────────────────────────────────────── */

.status-icon {
  width: 48px;
  height: 48px;
  border-radius: 50%;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: center;
  margin: 0 auto var(--space-md);
  font-size: var(--text-xl);
}

.status-icon.processing {
  background: var(--color-info-bg);
  color: var(--color-info);
  animation: pulse 1.5s ease-in-out infinite;
}

.status-icon.completed {
  background: var(--color-success-bg);
  color: var(--color-success);
}

.status-icon.failed {
  background: var(--color-danger-bg);
  color: var(--color-danger);
}

@keyframes pulse {
  0%, 100% { opacity: 1; }
  50% { opacity: 0.5; }
}

/* ── Patient detail ────────────────────────────────────────── */

.detail-grid {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(auto-fill, minmax(200px, 1fr));
  gap: var(--space-md);
}

.detail-item {
  font-size: var(--text-sm);
}

.detail-item dt {
  font-weight: 500;
  color: var(--color-text-faint);
  font-size: var(--text-xs);
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  margin-bottom: 2px;
}

.detail-item dd {
  color: var(--color-text);
}

/* ── Category cards ────────────────────────────────────────── */

.category-grid {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(auto-fill, minmax(280px, 1fr));
  gap: var(--space-md);
}

.category-card {
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-lg);
  padding: var(--space-md);
}

.category-card-header {
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.category-card-header h3 {
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 600;
}

.category-card p {
  font-size: var(--text-sm);
  color: var(--color-text-dim);
  line-height: 1.5;
}

/* ── Action/recommendation cards ───────────────────────────── */

.action-list {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--space-sm);
}

.action-item {
  display: flex;
  gap: var(--space-sm);
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  background: var(--color-background);
  border-radius: var(--radius-md);
  font-size: var(--text-sm);
}

.action-type {
  font-size: var(--text-xs);
  font-weight: 600;
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  color: var(--color-text-faint);
  white-space: nowrap;
  min-width: 80px;
}

/* ── Genotype table ────────────────────────────────────────── */

.genotype-rsid {
  font-family: var(--font-mono);
  font-size: var(--text-xs);
}

.genotype-alleles {
  font-family: var(--font-mono);
  font-weight: 600;
  font-size: var(--text-sm);
}

/* ── Auth pages (centered) ─────────────────────────────────── */

.auth-layout {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  align-items: center;
  justify-content: center;
  min-height: 100vh;
  padding: var(--space-xl);
}

.auth-card {
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-lg);
  padding: var(--space-2xl);
  width: 100%;
  max-width: 420px;
  box-shadow: var(--shadow-md);
  text-align: center;
}

.auth-card h1 {
  font-size: var(--text-xl);
  font-weight: 600;
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.auth-card p {
  color: var(--color-text-dim);
  font-size: var(--text-sm);
  margin-bottom: var(--space-xl);
}

.auth-card .form-group {
  text-align: left;
}

.auth-card .btn {
  width: 100%;
  justify-content: center;
}

/* ── Landing page ──────────────────────────────────────────── */

.landing-hero {
  text-align: center;
  padding: var(--space-2xl) 0;
}

.landing-hero h1 {
  font-size: var(--text-2xl);
  font-weight: 700;
  color: var(--color-deepest);
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.landing-hero p {
  font-size: var(--text-lg);
  color: var(--color-text-dim);
  max-width: 540px;
  margin: 0 auto var(--space-xl);
}

.landing-features {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(240px, 1fr));
  gap: var(--space-lg);
  max-width: var(--content-max);
  margin: 0 auto;
}

.landing-feature {
  text-align: center;
  padding: var(--space-lg);
}

.landing-feature h3 {
  font-size: var(--text-base);
  font-weight: 600;
  margin-bottom: var(--space-xs);
}

.landing-feature p {
  font-size: var(--text-sm);
  color: var(--color-text-dim);
}

/* ── Empty states ──────────────────────────────────────────── */

.empty-state {
  text-align: center;
  padding: var(--space-2xl);
  color: var(--color-text-faint);
}

.empty-state p {
  margin-bottom: var(--space-md);
}

/* ── Utility ───────────────────────────────────────────────── */

.hidden { display: none !important; }
.text-center { text-align: center; }
.text-right { text-align: right; }
.text-sm { font-size: var(--text-sm); }
.text-xs { font-size: var(--text-xs); }
.text-faint { color: var(--color-text-faint); }
.mt-md { margin-top: var(--space-md); }
.mt-lg { margin-top: var(--space-lg); }
.mb-md { margin-bottom: var(--space-md); }
.mb-lg { margin-bottom: var(--space-lg); }
.flex-gap { display: flex; gap: var(--space-sm); align-items: center; }

/* ── Responsive ────────────────────────────────────────────── */

@media (max-width: 640px) {
  .page-header {
    flex-direction: column;
    align-items: flex-start;
  }

  .detail-grid {
    grid-template-columns: 1fr 1fr;
  }

  .category-grid {
    grid-template-columns: 1fr;
  }

  .data-table {
    display: block;
    overflow-x: auto;
  }

  .header-nav {
    display: none;
  }

  .header-nav.open {
    display: flex;
    flex-direction: column;
    position: absolute;
    top: 56px;
    right: 0;
    background: var(--color-surface);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-md);
    padding: var(--space-sm);
    box-shadow: var(--shadow-md);
  }
}

/* ── Mobile menu toggle ────────────────────────────────────── */

.menu-toggle {
  display: none;
  background: none;
  border: none;
  cursor: pointer;
  font-size: var(--text-lg);
  color: var(--color-text-dim);
  padding: var(--space-xs);
}

@media (max-width: 640px) {
  .menu-toggle { display: block; }
}

/* ── Patient switcher dropdown ────────────────────────────── */

.patient-switcher {
  position: relative;
}

.patient-switcher-btn {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-xs);
  padding: var(--space-xs) var(--space-sm);
  font-size: var(--text-sm);
  font-family: inherit;
  color: var(--color-text-dim);
  background: none;
  border: 1px solid transparent;
  border-radius: var(--radius-sm);
  cursor: pointer;
  transition: background 0.15s, border-color 0.15s;
}

.patient-switcher-btn:hover {
  color: var(--color-primary);
  background: var(--color-primary-light);
}

.switcher-label {
  max-width: 180px;
  overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis;
  white-space: nowrap;
}

.switcher-caret {
  font-size: var(--text-xs);
  opacity: 0.6;
}

.patient-switcher-menu {
  display: none;
  position: absolute;
  top: 100%;
  left: 0;
  margin-top: var(--space-xs);
  min-width: 220px;
  max-height: 400px;
  overflow-y: auto;
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-md);
  box-shadow: var(--shadow-md);
  z-index: 200;
}

.patient-switcher-menu.open {
  display: block;
}

.switcher-item {
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  font-size: var(--text-sm);
  color: var(--color-text);
  text-decoration: none;
  transition: background 0.1s;
}

.switcher-item:hover {
  background: var(--color-background);
  color: var(--color-primary);
}

.switcher-item.active {
  color: var(--color-primary);
  font-weight: 500;
}

.switcher-item-name {
  overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis;
  white-space: nowrap;
}

.switcher-divider {
  height: 1px;
  background: var(--color-border);
  margin: var(--space-xs) 0;
}

/* ── Patient tabs ─────────────────────────────────────────── */

.patient-tabs {
  display: flex;
  gap: 0;
  border-bottom: 2px solid var(--color-border);
}

.patient-tab {
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 500;
  color: var(--color-text-dim);
  text-decoration: none;
  border-bottom: 2px solid transparent;
  margin-bottom: -2px;
  transition: color 0.15s, border-color 0.15s;
}

.patient-tab:hover {
  color: var(--color-primary);
}

.patient-tab.active {
  color: var(--color-primary);
  border-bottom-color: var(--color-primary);
}

/* ── Journal entries ──────────────────────────────────────── */

.journal-entry-header {
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  flex-wrap: wrap;
  gap: var(--space-sm);
}

.journal-entry-content {
  font-size: var(--text-sm);
  line-height: 1.7;
  color: var(--color-text);
}

.journal-entry-content p {
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.journal-entry-content p:last-child {
  margin-bottom: 0;
}

/* ── Dashboard: group > category > recommendations ────────── */

.group-grid {
  display: grid;
  grid-template-columns: repeat(auto-fill, minmax(150px, 1fr));
  gap: var(--space-sm);
}

.group-btn {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  align-items: flex-start;
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  background: var(--color-surface);
  border: 2px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-md);
  cursor: pointer;
  transition: background 0.15s, border-color 0.15s;
  text-align: left;
  font-family: inherit;
}

.group-btn:hover {
  background: var(--color-background);
  border-color: var(--color-primary);
}

.group-btn.active {
  border-color: var(--color-primary);
  background: var(--color-primary-light);
}

.group-btn-name {
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 600;
  color: var(--color-deepest);
}

.group-btn-count {
  font-size: var(--text-xs);
  color: var(--color-text-faint);
  margin-top: 2px;
}

.category-bar {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  gap: var(--space-xs);
  margin-bottom: var(--space-md);
}

.category-pill {
  display: inline-flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-xs);
  padding: var(--space-xs) var(--space-sm);
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: 9999px;
  font-size: var(--text-sm);
  font-family: inherit;
  cursor: pointer;
  transition: background 0.15s, border-color 0.15s;
  color: var(--color-text);
}

.category-pill:hover {
  border-color: var(--color-primary);
  background: var(--color-background);
}

.category-pill.active {
  border-color: var(--color-primary);
  background: var(--color-primary-light);
  color: var(--color-primary);
  font-weight: 500;
}

.category-pill-count {
  font-size: var(--text-xs);
  color: var(--color-text-faint);
}

.recommendations-header {
  border-top: 1px solid var(--color-border);
  padding-top: var(--space-md);
  margin-top: var(--space-sm);
  margin-bottom: var(--space-md);
}

.recommendations-header h3 {
  font-size: var(--text-xs);
  font-weight: 600;
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  color: var(--color-text-faint);
}

.recommendations-grid {
  display: grid;
  grid-template-columns: 1fr 1fr;
  gap: var(--space-lg);
}

@media (max-width: 768px) {
  .recommendations-grid {
    grid-template-columns: 1fr;
  }
}

.recommendations-col {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--space-sm);
}

.recommendation-card {
  background: var(--color-surface);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-md);
  padding: var(--space-md);
}

.recommendation-combined {
  border-style: dashed;
  border-color: var(--color-primary);
}

.recommendation-interaction {
  border-color: #818cf8; /* indigo */
}

.recommendation-card-top {
  display: flex;
  align-items: flex-start;
  justify-content: space-between;
  gap: var(--space-sm);
}

.recommendation-genes {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  align-items: center;
  gap: var(--space-xs);
  margin-bottom: var(--space-xs);
}

.recommendation-title {
  font-size: var(--text-sm);
  font-weight: 600;
  color: var(--color-deepest);
  margin-top: 2px;
}

.recommendation-summary {
  font-size: var(--text-sm);
  color: var(--color-text-dim);
  margin-top: var(--space-xs);
  line-height: 1.5;
}

.mb-sm { margin-bottom: var(--space-sm); }

/* ── Health profile form ──────────────────────────────────── */

.health-profile-group-label {
  font-size: var(--text-xs);
  font-weight: 600;
  text-transform: uppercase;
  letter-spacing: 0.04em;
  color: var(--color-text-faint);
  margin-top: var(--space-md);
  margin-bottom: var(--space-sm);
}

.health-profile-group-label:first-child {
  margin-top: 0;
}

.health-profile-options {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  gap: var(--space-xs);
  margin-bottom: var(--space-md);
}

.health-profile-option {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: var(--space-sm);
  padding: var(--space-sm) var(--space-md);
  border: 1px solid var(--color-border);
  border-radius: var(--radius-md);
  font-size: var(--text-sm);
  cursor: pointer;
  transition: background 0.1s, border-color 0.1s;
}

.health-profile-option:hover {
  background: var(--color-background);
  border-color: var(--color-primary);
}

.health-profile-option input[type="checkbox"] {
  flex-shrink: 0;
}

.health-profile-option input[type="checkbox"]:checked + span {
  color: var(--color-primary);
  font-weight: 500;
}
